Такая же ситуация, как и тут:
http://unity3d.ru/distribution/viewtopic.php?f=69&t=26741&p=181497&hilit=Asset+save#p181497
При закрытии юнити и повторном поля пропадают вообще. Хотя при создании объектов, все нормально сохраняется.
Пробовал открывать файлы ассета блокнотом: до перезапуска и после они ничем не отличаются.
Может я где-то с сериализцией напутал?